Наёмник под кодовым именем Божья Коровка отправляется на новую миссию: вместо заболевшего коллеги он должен сесть в скоростной поезд Токио - Киото, выкрасть чемоданчик и сойти на промежуточной станции. Но выполнение простого задания сильно осложняется, когда выясняется, что состав просто кишит...

Загадочный и суровый одиночка Снейк Айз спасает наследника древнего японского клана Арасикагэ, и в знак признательности клан открывает ему тайные знания пути ниндзя. Но главное: Снейк Айз обретает то, к чему так долго стремился, — дом. Однако, когда становятся известны секреты его прошлого, на кону...